Gdy w 1364 r. król Kazimierz Wielki założył w Krakowie uniwersytet, istniały trzy fakultety (bez teologii), przy czym medycynę reprezentowało dwóch profesorów: lector ordinarius in medicinis, który był profesorem medycyny, oraz prawdopodobnie profesor astronomii, który wykładał astrologię będącą przez długi czas nieodłączną częścią medycyny. Wszystkie wykłady odbywały się na zamku na Wawelu.
Dzięki darom królowej Jadwigi i jej męża króla Władysława Jagiełły (stąd późniejsza nazwa Uniwersytet Jagielloński) w 1400 r. Uniwersytet odnowiono wraz z czterema fakultetami. Jego pierwszy rektor, Stanisław ze Skalbmierza podkreślał w swej mowie inauguracyjnej znaczenie Wydziału Lekarskiego. Wkrótce na uniwersytet przybywają uczeni polscy i zagraniczni. Jednym z pierwszych profesorów był Jan Kro z Chociebuża (Johannes Kro de Kotsebus), który był również pierwszym lekarzem wybranym na rektora w 1419 r., Jan z Pawii (Johannes de Saccis de Papia), który wprowadził pierwszy statut Wydziału Lekarskiego (1433), Marcin Król z Żurawicy i Piotr Gaszowiec z Loćmierza, który oprócz medycyny interesował się również astronomią i astrologią. Każdy lekarz, który przebywał w Krakowie, bez względu na to czy był Polakiem czy cudzoziemcem miał obowiązek nauczać medycyny jako lector in medicinis. W ten sposób w XV w. Wydział mógł się pochwalić niemal 50 wykładowcami.
Wkrótce zaczęto odbywać podróże za granicę, zwłaszcza do Padwy. Te szerokie kontakty przyspieszyły rozwój Renesansu w Krakowie. Jedną z największych postaci XVI w. był niewątpliwie Maciej z Miechowa (1457-1523), historyk i lekarz, rektor Uniwersytetu przez kilka kadencji, zwany polskim Hipokratesem. Inni wybitni uczeni to Wojciech Oczko (1537-1599), autor szczegółowych traktatów z dziedziny balneologii i syfilidologii; Sebastian Petrycy z Pilzna (1554-1626), praktyk i filantrop, wybitny znawca Arystotelesa, oraz Józef Struś (1510-1568), który później wykładał w Padwie, krytyk Galena i autor traktatu o tętnie Sphygmicae artis libri quinque, 1555.
W XVII i XVIII w. Uniwersytet przeżywał okres upadku, zarówno z przyczyn zewnętrznych (najazdy szwedzkie 1651-1656) i wewnętrznych (przestarzały program i metody nauczania). Liczba studentów malała, a ci którzy pozostali, zwłaszcza na medycynie, otrzymywali niepełne wykształcenie, które uzupełniali za granicą, głównie we Włoszech, gdzie zdobywali stopnie doktorskie.
Kondycja uczelni uległa poprawie, gdy w 1773 r. Komisja Edukacji Narodowej powierzyła Hugonowi Kołłątajowi zadanie zreformowania Uniwersytetu (1778-1780). Reforma, popierana przez światłe umysły rozpoczęła nowy okres w dziejach Uniwersytetu. Profesor Andrzej Badurski (1740-1789) dołożył wszelkich starań, by uruchomić szpital uniwersytecki, który ostatecznie powstał w 1780 r. Rafał Józef Czerwiakowski rozpoczął regularne badania autopsyjne. Po włączeniu Krakowa do Austrii w 1796 r. usiłowano w okresie rozbiorów przekształcić Uniwersytet w uczelnię austriacką zwiększając napływ profesorów z zagranicy. Gdy w 1809 r. Kraków włączono do Wielkiego Księstwa Warszawskiego, Uniwersytet odzyskał polski charakter. Jego rozkwit nastąpił wraz z uzyskaniem przez Kraków autonomii politycznej (1815-1846), osiągając rozgłos dzięki takim Polakom jak Józef Brodowicz (1790-1885) w chorobach wewnętrznych, Ludwik Bierkowski (1801-1860) w chirurgii, Józef Majer (1808-1899) i Fryderyk Skobel (1806-1878) w naukach teoretycznych. Okres ten zapoczątkował dalszy rozwój medycyny w drugiej połowie XIX w. znaczony takimi nazwiskami jak Józef Dietl (1844-1905), Edward Korczyński (1844-1905), Walery Jaworski (1849-1924) w chorobach wewnętrznych oraz Jan Mikulicz Radecki (1850-1905), Ludwik Rydygier (1850-1920) i Alfred Obaliński (1843-1898) w chirurgii.
Gdy Polska odzyskała niepodległość po pierwszej wojnie światowej, powołano nowe uczelnie, a stare odzyskały swój polski charakter. Kraków ze swym sławnym uniwersytetem posiadał wystarczający potencjał intelektualny, by zasilić nowe ośrodki. Ten nieustanny wzrost, chociaż nie bez przeszkód, szczególnie ekonomicznych, oraz naukowy rozwój Wydziału Lekarskiego zostały gwałtownie przerwane wybuchem drugiej wojny światowej i okupacją niemiecką, która rozpoczęła się aresztowaniem profesorów uniwersyteckich 6 listopada 1939 r.
Po zakończeniu drugiej wojny światowej w 1945 r. Uniwersytet rozpoczął swą działalność pomimo niedoboru kadry nauczającej. Lecz wkrótce szczery wysiłek, entuzjazm i dobra wola wszystkich ludzi zostały stłumione rosnącą ingerencją polityczną. W 1950 r. wszystkie wydziały medyczne w Polsce oddzielono od uniwersytetów przekształcając je w samodzielne instytucje - akademie medyczne.
Oderwanie Wydziału Lekarskiego od Uniwersytetu Jagiellońskiego z przyczyn politycznych wywarło ujemny wpływ na dobór kadry nauczającej i studentów, a także na działalność naukową. Jednak były też i jaśniejsze strony. Powołano nowe kliniki, np. III Klinikę Chorób Wewnętrznych oraz III Klinikę Chirurgii. Na Wydziale Lekarskim utworzono Oddział Stomatologii. Farmacja będąca częścią Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego na Uniwersytecie Jagiellońskim została przekształcona w Wydział Farmacji nowej Akademii Medycznej. Nowo powstałe jednostki sytuowano w starych kamienicach lub budynkach poszpitalnych, gdyż praktycznie nie budowano nic nowego.
Dopiero w 1965 r. powstał w Prokocimiu nowy Instytut Pediatrii, dar narodu amerykańskiego. Został wybudowany z dala od starego miasta, w miejscu planowanym pod przyszłe miasteczko studenckie i centrum medyczne. Wkrótce wybudowano kilka akademików, a ostatnio nowe pomieszczenie Instytutu Farmacji i prace budowlane trwają nadal.
Akademia Medyczna jako dawny Wydział Lekarski Uniwersytetu Jagiellońskiego wykształciła wielu studentów, którzy po dyplomie, zwłaszcza po wojnie zapełniali wolne miejsca w służbie zdrowia i stopniowo przyczyniali się do poprawy stanu zdrowia w kraju. Wszystkie katedry i kliniki poczyniły postępy w nauczaniu i badaniach, osiągając wyniki nierzadko na skalę międzynarodową.
Pomimo osiągnięć Akademii Medycznej jako niezależnej instytucji, intencja powrotu do Uniwersytetu Jagiellońskiego była bardzo silna. Zmiany polityczne w Polsce i Europie Wschodniej wzbudziły nadzieje, które ziściły się 12 maja 1993 r. Wydział Lekarski powrócił do Alma Mater Jagellonica, z którą łączy go wspólny początek i dzieje.
(Prof. Zdzisław Gajda)