Początki szpitali uniwersyteckich w Krakowie są ściśle związane z reformami wprowadzonymi przez Hugona Kołłątaja. W 1776 r. dr Andrzej Badurski, absolwent Akademii w Bolonii, magister Szkoły Królewskiej, zwrócił się do Komisji Edukacji Narodowej o założenie szpitala. Dwa lata później ks. Hugo Kołłątaj, członek Komisji wraz z dr. Badurskim podjęli się zadania zorganizowania szpitala dla Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Jagiellońskiego. W dn. 7 stycznia 1780 założono pierwszy szpital kliniczny w Polsce zlokalizowany w pojezuickich pomieszczeniach przy kościele Św. Barbary, nadając mu nazwę Szpitala Akademickiego Św. Barbary, którego dyrektorem został dr Badurski.
Kilka lat później 8 kwietnia 1788 r. Prymas Olechowski połączył Szpital Akademicki, Szpital Sióstr Miłosierdzia, część Szpitala Ducha Św., Szpital Św. Sebastiana i Szpital Św. Rocha tworząc Szpital Generalny Św. Łazarza przy ul. Wesołej.
W ciągu ponad 200 lat swego istnienia Szpital przeszedł wiele zmian, stopniowo rozbudowując swą strukturę oraz zasięg działalności diagnostyczno-terapeutycznej i naukowo-dydaktycznej.
Ostateczny kształt czterech szpitali klinicznych jest wynikiem radykalnych zmian w organizacji i zarządzaniu instytucjami służby zdrowia wprowadzonymi w Polsce w latach 90-ych.
Z dniem 1 stycznia 1999 r. reforma służby zdrowia spowodowała przekształcenie szpitali klinicznych w jednostki samodzielne mające status prawny wskazujący na ich całkowitą autonomię i oddzielenie od uniwersytetów.
Państwowy Szpital Kliniczny otrzymał nazwę Szpitala Uniwersyteckiego, Polsko-Amerykański Instytut Pediatrii przemianowano na Uniwersytecki Szpital Dziecięcy, natomiast Państwowy Szpital Kliniczny w Zakopanem otrzymał nazwę Szpitala Uniwersyteckiego Nr 2.
We wrześniu 1999 r. utworzono nowy samodzielny szpital kliniczny tj. Uniwersytecką Klinikę Stomatologiczną, stanowiącą czwarty element całego kompleksu szpitalnego.
Pomimo braku więzów strukturalnych Collegium Medicum nadal realizuje część swych zadań na terenie szpitala. Zadania te obejmują nauczanie kliniczne (dyplomowe i podyplomowe) oraz badania naukowe, które wynikają z działalności statutowej zarówno szpitali jak i uniwersytetów.
W dniach 28 stycznia 2000 r. oraz 16 czerwca 2000 r. więzy między uniwersytetem a szpitalami klinicznymi zostały częściowo przywrócone dzięki wielomiesięcznym wysiłkom władz Collegium Medicum. Minister zdrowia przekazał Collegium Medicum część obowiązków i praw wobec wszystkich czterech szpitali. Władze Uczelni postanowiły, by każdy z nich posiadał w nazwie miano "uniwersytecki/a". Takie też nadano im nazwy: Szpital Uniwersytecki, Uniwersytecki Szpital Dziecięcy, Uniwersytecka Klinika Stomatologiczna oraz Uniwersytecki Szpital Ortopedyczno-Rehabilitacyjny w Zakopanem.
W październiku 2001 r. - na mocy podpisanej w dniu 17 września br. przez Prezydenta RP Aleksandra Kwaśniewskiego nowelizacji ustawy o Zakładach Opieki Zdrowotnej - po dwuletniej przerwie, w struktury Uczelni ponownie wróciły szpitale kliniczne. Znowelizowana ustawa jest efektem blisko dwuletnich zabiegów wszystkich członków Konferencji Rektorów Uczelni Medycznych prowadzonych na najwyższych szczeblach władzy państwowej. Rektorzy spotykali się z premierem, marszałkiem Sejmu, a także z posłami różnych ugrupowań. Przez ten okres starali się przekonać szerokie gremia polityczne, iż oderwanie szpitali od uczelni jest niekorzystne dla obu instytucji. Zdecydowanego poparcia dla tych zabiegów udzielił prezydent RP, który spotkał się z rektorami uczelni medycznych dwukrotnie. Jednoznacznie popierające stanowiska wyrażały również senaty wszystkich akademii.
Poprzednia - uchwalona w grudniu 1998 - fatalna w skutkach nowelizacja ustawy o ZOZ pozbawiła uczelnie dostępu do własnej bazy klinicznej. Oderwanie szpitali od uczelni stanowiło także realne i poważne zagrożenie dla dalszego rozwoju badań naukowych, procesu kształcenia przed- i podyplomowego, a także sprawnego zarządzania szpitalem i uczelnią w przypadku braku między nimi jakichkolwiek związków strukturalnych.
Znowelizowana ustawa o ZOZ oznacza dla uczelni wyjście z tego impasu. Zapis o integralności obu jednostek jest tutaj najistotniejszy.
Art. 36.1 ustawy o ZOZ mówi: "Tworzenie, przekształcanie i likwidacja publicznego zakładu opieki zdrowotnej, którego organem założycielskim jest państwowa uczelnia medyczna lub państwowa uczelnia prowadząca działalność dydaktyczną i badawczą w dziedzinie nauk medycznych, następuje w drodze uchwały senatu właściwej państwowej uczelni medycznej lub państwowej uczelni prowadzącej działalność dydaktyczną i badawczą w dziedzinie nauk medycznych."
Zapis ów oznacza, iż organem założycielskim dla szpitala jest senat danej uczelni, a nie jak dotąd minister zdrowia. Daje to większą samodzielność oraz możliwość - już bez konsultacji na szczeblu rządowym - szybkiego, doraźnego czy strategicznego działania w zakresie funkcjonowania szpitali klinicznych.
Nie zniknęły natomiast problemy z finansowaniem tych szpitali, którego główne źródło nadal pochodzi z wynegocjowanych z Narodowym Funduszem Zdrowia kontraktów na poszczególne usługi medyczne. Głównymi problemami, z jakimi się borykają szpitale uniwersyteckie, to niedoszacowanie procedur medycznych, niepłacenie za nadwykonania, zbyt mała wartość kontraktu nie pokrywająca rzeczywistych potrzeb zdrowotnych a także brak środków pieniężnych na inwestycje. (mgr Maciej Rogala)
Szpital Uniwersytecki wraz ze swą 200-letnią historią głęboko zapadłą w pamięci kolejnych pokoleń Krakowa i Polski jest dziś jednym z najlepszych ośrodków medycznych w kraju.
Obecnie Szpital liczy 29 klinik i szereg ambulatoriów. Posiada 1526 łóżek i zatrudnia ok. 3500 wysoko wykwalifikowanych pracowników.
Rocznie hospitalizowanych jest ok. 38 000 pacjentów z całej Polski, a liczba udzielonych konsultacji w ambulatoriach przekracza 300 000. Szpital oferuje wielokierunkowe, wysoko specjalistyczne usługi diagnostyczne i terapeutyczne mieszkańcom Polski południowo-wschodniej. Szpital ciągle podnosi poziom swych usług zgodnie z europejskimi standardami.
Szpital jest również wiodącym ośrodkiem badawczym i dydaktycznym. Stanowi bazę kliniczną dla Collegium Medicum, w ten sposób odgrywając rolę w edukacji lekarzy i pielęgniarek. Warunki w Szpitalu sprzyjają rozwojowi działalności naukowej, która wyraża się w licznych publikacjach i nadawaniem stopni naukowych. Szpital współpracuje z zagranicznymi ośrodkami medycznymi prowadząc wspólne badania.
Pacjenci mają dobrą opinię o szpitalu, gdyż jego personel wykazuje wysoki poziom wiedzy medycznej, umiejętności, poświęcenia w pracy i życzliwe podejście do każdego człowieka. Wartości takie jak uczciwość, odpowiedzialność, altruizm, szacunek dla wolnej i świadomej decyzji podjętej przez pacjenta są najważniejsze dla całego personelu medycznego. (dr Andrzej Kulig)
Jego budowę zainicjowała Polonia Amerykańska wspierana funduszami rządu USA. Uroczystość otwarcia miała miejsce w 1965 r. Znana przez lata jako Polsko-Amerykański Szpital dziecięcy, instytucja ta zawsze stanowiła bazę szpitalną w strukturach akademickich Instytutu Pediatrii wraz z trzema katedrami i klinikami.
Szpital jest następcą pierwszego oddziału pediatrycznego wPolsce założonego w Szpitalu Św. Łazarza w 1864 r.
Szpital ma 555 łóżek i jest ważnym ośrodkiem edukacyjnym i badawczym, współpracującym ściśle z wiodącymi szpitalami dziecięcymi na całym świecie.
Dzięki ;dalszej pomocy rządu amerykańskiego w 1974 r. otwarto nowe skrzydło laboratoryjne. Kolejne skrzydło z 240-łóżkowym Ośrodkiem Rehabilitacji oddano do użytku w 1987 r. Ośrodek może poszczycić się pełnym wyposażeniem dla celów fizjoterapii i hydroterapii, salą gimnastyczną i basenem.
Po rozwiązaniu komitetu Amerykańskiego Szpitala Badawczego w Polsce, który odegrał istotną rolę w koncepcji budowy szpitala i jego początkowego rozwoju, w 1974 r. rząd amerykański powołał
fundację Project HOPE, która zarządzała funduszami przyznanymi na powiększenie szpitala i finansowanie wymiany licznych specjalistów kardiologii i kardiochirurgii, nefrologii, intensywnej opieki, urologii, gastroenterologii, hematologii i onkologii, oraz wielu innych.
Przez wiele lat dzięki Project HOPE zaopatrywano szpital w mniejszy i większy sprzęt, części zamienne, czasopisma i podręczniki medyczne. Fundacja odegrała również istotną rolę w zorganizowaniu ponad 80 kursów i konferencji podyplomowych dla lekarzy, pielęgniarek i innych pracowników służby zdrowia z całej Polski. Od 1995 r. działalność Project HOPE w Uniwersyteckim Szpitalu Dziecięcym uległa ograniczeniu do jednego programu tj. gastroenterologii pediatrycznej i odżywiania.
W 1964 r. rozpoczęto plany budowy nowego ambulatorium. Dotychczasowe ambulatorium przewidziane na 25 000 wizyt rocznie nie było w stanie pomieścić 100 000 pacjentów ambulatoryjnych rocznie. Trzy lata później rozpoczęto budowę Ośrodka Opieki Ambulatoryjnej im. Klemensa J. Zabłockiego, który oddano o użytku w 1992 r.
W okresie swego istnienia szpital odwiedziło wiele osobistości z całego świata, wśród nich prezydent Gerald Ford (1975 r.) i wiceprezydent George Bush (1987 r.). W 1991 r. Jego Świątobliwość Jan Paweł II pobłogosławił Ośrodek im. Zabłockiego.
Dziś Uniwersytecki Szpital Dziecięcy służy dzieciom z obszaru Małopolski, chociaż małym pacjentom z sąsiednich województw również nie odmawia się pomocy. Prawie wszystkie specjalizacje pediatryczne reprezentowane są przez katedry pediatrii chirurgii pediatrycznej powołane w 1998 r. Należą do nich Klinika Pediatrii z Oddziałem Intensywnej Opieki Noworodków, Endokrynologii Dzieci i Młodzieży, Nefrologii Dziecięcej oraz Oddziału Genetyki Klinicznej i Dializ Nerkowych. Katedra Chirurgii Dziecięcej obejmuje Klinikę Chirurgii Ogólnej wraz ze specjalnymi oddziałami ortopedii i traumatologii, neurochirurgii, chirurgii plastycznej i rekonstrukcyjnej oraz oparzeń, a także Klinikę Urologii ziecięcej i Kardiochirurgii. Poza strukturami akademickimi są takie Kliniki jak Hematologii i Onkologii Dziecięcej, Pediatrii, Gastroeneterologii i Odżywiania, Kardiologii Dziecięcej i Neurologii Dziecięcej. Na specjalnych oddziałach leczone są dzieci z chorobami laryngologicznymi, okulistycznymi i dermatologicznymi, podczas gdy dzieci wymagające rehabilitacji prowadzone są w Oddziale Rehabilitacji. Stany nie wymagające długiej hospitalizacji u dzieci hematologicznych i onkologicznych leczone są w specjalnym Oddziale Pobytu Dziennego. Szpital ma również szereg przychodni, reprezentując takie specjalizacje jak pediatria ogólna i chirurgia, nefrologia i urologia, chirurgia noworodków, gastroenterologia, endokrynologia, ortopedia, okulistyka, genetyka kliniczna, kardiologia kardiochirurgia, immunologia kliniczna, chirurgia plastyczna i rekonstrukcyjna, neurologia i neurochirurgia, dermatologia, onkologia i chirurgia onkologiczna, hematologia, radioterapia, leczenie bólu i opieka paliatywna, pulmonologia, alergologia, ginekologia pediatryczna i dermatologia.
Rocznie liczba hospitalizowanych dzieci wynosi ok. 13 000, a liczba wizyt ambulatoryjnych 129 000. Zespół chirurgów wykonuje ok. 4500 operacj rocznie, w tym 350 operacji na otwartym sercu. Działalność dydaktyczna szpitala bejmuje nauczanie pediatrii prawie 1400 studentów 3, 4, 5 i 6-go roku medycyny, łącznie z 4-ym rokiem stomatologii. Ponadto wykłady z pediatrii prowadzone są dla studentów Wydziału Farmacji i Analityki Medycznej oraz Zdrowia Publicznego. Odbywają się również zajęcia w jęz. angielskim dla studentów z zagranicy. Ponadto organizowane są praktyki dla studentów średnich szkół pielęgniarskich i studentów Krakowskiej Akademii Wychowania Fizycznego. Szkolenia podyplomowe organizowane są dla pediatrów i chirurgów pediatrycznych oraz dla lekarzy specjalizujących się w pediatrii. (doc Maciej Kowalczyk)
Szpital w Zakopanem obecnie obejmujący Klinikę Ortopedii i Rehabilitacji Dzieci i Młodzieży powstał w 1915 r., kiedy to kardynał Adam Stefan Sapieha powołał Krakowski Episkopalny Komitet Pomocy Ofiarom I Wojny Światowej. Prawie przez cały czas szpital ściśle współpracuje z Akademią Medyczną w Krakowie. W 1997 r. senat Uniwersytetu Jagiellońskiego podjął decyzję o tym, by szpital jako własność Uniwersytetu powrócił do uczelni jako Klinika Ortopedii i Rehabilitacji Dzieci i Młodzieży, obecnie nazywany Szpitalem Uniwersyteckim Ortopedyczno-Rehabilitacyjny w Zakopanem.
Szpital oferuje pełen zakres usług ortopedycznych pacjentom w każdym wieku.
Do głównych zainteresowań klinicznych i naukowych Kliniki należą: choroby kręgosłupa (wrodzone, idiopatyczne, urazowe i nowotworowe), choroby mięśniowe o podłożu neurologicznym, porażenie mózgowe, wrodzone i nabyte wady kończyn, artroskopia,
technika Ilizarowa i śródoperacyjne monitorowanie kręgosłupa metodą ultrasonografii i SEP.
Szpital prowadzi szkolenia dla lekarzy z całej Polski oraz współpracuje z szeregiem zagranicznych ośrodków ortopedycznych i naukowych. (prof. Daniel Zarzycki)
W dn. 28 września 1999 r. zgodnie z rozporządzeniem ministra zdrowia i opieki społecznej powołano Samodzielną Publiczną Instytucję Ochrony Zdrowia pod nazwą Uniwersytecka Klinika Stomatologiczna w Krakowie.
Jest to czwarty szpital kliniczny. Został założony na bazie klinik stomatologicznych zlokalizowanych w katedrach i zakładach Collegium Medicum, poprzednio należących do Szpitala Uniwersyteckiego.
Obecnie Uniwersytecka Klinika Stomatologiczna w Krakowie obejmuje I Oddział Stomatologii Zachowawczej, II Oddział Stomatologii Zachowawczej, Oddział Protetyki Stomatologicznej, Oddział Chirurgii Stomatologicznej i Oddział Ortodoncji.
Szpital ma również pracownię techniki dentystycznej przy ul. Syrokomli oraz pracownię techniki ortodontycznej przy ul. Lubicz. Obecnie organizowana jest Centralna Przychodnia Stomatologiczna ;i pracownie diagnostyki obrazowej.
We wrześniu 2000 przeniesiono wszystkie kliniki i pracownie do nowego budynku przy ul. Montelupich. Remont, rozbudowa i adaptacja nowej siedziby Uniwersyteckiej Kliniki Stomatologicznej sfinansowało ministerstwo zdrowia; właścicielem budynków jest Collegium Medicum. Zarówno wyposażenie jak i budynek są na miarę XXI wieku.
Głównym zadaniem Kliniki jest zapewnienie specjalistycznych usług dentystycznych w połączeniu z dydaktyką i badaniami naukowymi jako jednostki uniwersyteckiej. (prof. Stanisław Majewski)