Svante Pääbo urodził się w Szwecji w 1955 roku, nosi nazwisko matki, estońskiej chemiczki Karin Pääbo. Jego ojciec - Sune Bergström - również jest laureatem Nagrody Nobla w dziedzinie fizjologii i medycyny. Otrzymał ją w 1982 roku wraz z Bengtem Samuelssonem i Johnem Vanem. Pääbo ukończył Uniwersytet w Uppsali na kierunku egiptologia i medycyna. Doktoryzował się z immunologii. Od 1997 kieruje Zakładem Genetyki Instytutu Ewolucyjnej Antropologii imienia Maxa Plancka w Dreźnie.

 

Odczytał sekwencję genomu mitochondrialnego Neandertalczyka w 1997 roku, następnie w 2010 roku opublikował genom jądrowy tego wymarłego gatunku Homo sapiens. W międzyczasie zaproponował, na podstawie porównawczej analizy sekwencji genomowej mechanizm ewolucyjnego rozwoju mowy u człowieka współczesnego polegający na pozytywnej selekcji wariantu genu FOXP2.

 

W toku dalszych badań genomu człowieka udokumentował niewielką domieszkę sekwencji genetycznej Neandertalczyka u człowieka współczesnego. Do mieszania gatunków doszło w obszarze Azji mniejszej przed co najmniej 47 tys. lat. Podobne zjawisko zaobserwowano u Azjatów, w tym przypadku domieszka (introgresja) dotyczyła wymarłego gatunku denisowczyków. Pääbo opisał ich genom w 2012 roku na podstawie fragmentu kości znalezionej w jaskini Denisowa na Uralu.

 

Pääbo był bardzo aktywny naukowo w czasie ostatniej pandemii COVID-19. Wykazał m.in.mechanizm negatywnej selekcji regionu chromosomu 3 (m.in. gen CCR5) prowadzący zwiększoną odporność na zakażenie SARS-CoV-2 po utracie sekwencji genomowej współdziedziczonej z Neandertalczykami.