Podczas odbywającego się w dniach 26-28 maja 2022 r. w Atenach IX Kongresu Europejskiego Towarzystwa Chirurgów Endokrynologów (ESES), prof. Marcin Barczyński objął funkcję prezydenta tego towarzystwa naukowego, zastępując na tym stanowisku prof. Davida Scott-Coombsa (Wielka Brytania). Jego kadencja zakończy się w 2024 r. podczas X Jubileuszowego Kongresu ESES.
Prof. Marcin Barczyński jest kierownikiem Kliniki Chirurgii Endokrynologicznej III Katedry Chirurgii Ogólnej UJ CM, a także zastępcą kierownika Oddziału Klinicznego Chirurgii Ogólnej z Onkologią w Szpitalu Miejskim Specjalistycznym im. Gabriela Narutowicza w Krakowie. Od 2016 r. pełni funkcję prezesa Polskiego Klubu Chirurgii Endokrynologicznej, od 2017 r. – przewodniczącego Sekcji Chirurgii Polskiego Towarzystwa Endokrynologicznego, a od 2019 r. – członka zarządu Międzynarodowego Stowarzyszenia Chirurgów Endokrynologów (IAES).
W latach 2006-2010 przewodniczył Radzie Delegatów Narodowych ESES, w latach 2014-2018 był skarbnikiem i członkiem zarządu ESES, a od 2018 prezydentem elektem ESES. Jednocześnie pełnił funkcję egzaminatora z zakresu chirurgii endokrynologicznej Europejskiej Unii Egzaminów Medycznych (UEMS). Był także członkiem komitetu sterującego projektu EUROCRINE realizowanego w latach 2013-2017 na Wydziale Lekarskim UJ CM, w Klinice Chirurgii Endokrynologicznej III Katedra Chirurgii Ogólnej UJ CM, finansowanego ze środków unijnych. Celem projektu było stworzenie paneuropejskiego rejestru schorzeń endokrynnych leczonych operacyjnie, ze szczególnym uwzględnieniem schorzeń rzadkich.
W latach 2018-2022 był przewodniczącym zarejestrowanego w Wiedniu towarzystwa EUROCRINE, które kontynuowało działalność projektową po zakończeniu finansowania ze środków unijnych. Towarzystwo może poszczycić się kilkunastoma publikacjami w wysoko impaktowanych czasopismach chirurgicznych, m.in. British Journal of Surgery oraz Surgery, które powstały właśnie dzięki wieloośrodkowej współpracy międzynarodowej.
Europejskie Towarzystwo Chirurgów Endokrynologów zostało powołane do życia w 2003 r. w Wiedniu z inicjatywy 43 profesorów z 17 krajów europejskich, w tym prof. Henninga Dralle, doktora honoris causa Uniwersytetu Jagiellońskiego oraz prof. Andersa Bergenfelza. Celem towarzystwa jest promowanie rozwoju chirurgii endokrynologicznej w aspekcie badawczym i edukacyjnym. W Krakowie w 2006 r. w odbył się II Kongres ESES, którego współorganizatorami byli m.in. prof. Marcin Barczyński (sekretarz) i prof. Aleksander Konturek (skarbnik).
Klinika Chirurgii Endokrynologicznej III Katedry Chirurgii Ogólnej UJ CM działająca na bazie Oddziału Klinicznego Chirurgii Ogólnej z Onkologią w Szpitalu Miejskim Specjalistycznym im. Gabriela Narutowicza w Krakowie jest uznanym w Polsce i na świecie ośrodkiem badawczym i rozwojowym w zakresie chirurgii gruczołów wydzielania wewnętrznego, a wybór prof. Barczyńskiego jest odzwierciedleniem wysokiej pozycji kliniki na arenie europejskiej i światowej. Potwierdzeniem była również organizacja w 2015 r. w Krakowie Pierwszego Światowego Kongresu Neuromonitoringu w Chirurgii Tarczycy i Przytarczyc, w którym wzięło udział kilkuset uczestników z 38 krajów, a także organizacja w 2019 r. w Krakowie konferencji Międzynarodowego Stowarzyszenia Chirurgów Endokrynologów (IAES) w ramach odbywającego się w Krakowie 48. Światowego Kongresu Chirurgicznego, w którym wzięło udział ponad 2700 uczestników.
Na co dzień zespół kliniki zajmuje się leczeniem operacyjnym schorzeń nienowotworowych i raka tarczycy, przytarczyc i nadnerczy, ze szczególnym uwzględnieniem metod małoinwazyjnych i nowoczesnych technologii medycznych, w tym śródoperacyjnej kontroli jakości leczenia chirurgicznego. Co roku w klinice wykonywanych jest ponad 1000 operacji gruczołów wydzielania wewnętrznego.
Od wielu lat zespół katedry prowadzi kursy obejmujące wykłady i ćwiczenia z zakresu chirurgii gruczołów dokrewnych dla studentów UJ CM oraz lekarzy w trakcie specjalizacji organizowane przez Medyczne Centrum Kształcenia Podyplomowego UJ CM.