Dr hab. Maciej Kowalczyk od najwcześniejszych lat swojej kariery naukowej był częścią społeczności UJ CM. Na Wydziale Lekarskim uzyskał dyplom lekarza w 1970 roku, a następnie stopień doktora nauk medycznych (1982) oraz doktora habilitowanego (1999). Jako pediatra całe swoje życie zawodowe poświęcił opiece nad najmłodszymi pacjentami oraz rozwojowi krakowskiej pediatrii.
Od 1970 roku swoją drogę zawodową rozwijał również w Uniwersyteckim Szpitalu Dziecięcym w Krakowie. Funkcję dyrektora naczelnego objął w 2000 roku i pełnił ją nieprzerwanie do 2017 roku. Za główny cel swojej kadencji postawił gruntowną modernizację szpitala, wzorując się na doświadczeniach amerykańskich placówek medycznych, w oparciu o budowanie trwałych relacji ze sponsorami i darczyńcami.
W 2003 roku powołał Akcję Odnowy Szpitala, angażując w działania na rzecz placówki liczne grono darczyńców, w tym Pierwszą Damę RP Jolantę Kwaśniewską oraz Zjednoczenie Rodowe Książąt Lubomirskich.
Dzięki jego determinacji i zaangażowaniu, wspartym pozyskanymi z różnych źródeł środkami w wysokości ok. 450 mln zł, szpital przeszedł przemianę na niespotykaną dotąd skalę. W czasie jego kadencji powstały m.in.:
- Ośrodek Transplantacji (2002),
- Dziecięce Centrum Oparzeniowe (2003),
- zmodernizowana Pracownia Mikrobiologii i Wirusologii oraz Pracownia Angiografii (2003),
- nowy Szpitalny Oddział Ratunkowy wraz z lądowiskiem,
- kompleksowo wyremontowany budynek A („Okrąglak”), do którego przeniesiono pięć oddziałów klinicznych.
Za zasługi dla rozwoju i rozbudowy największego szpitala dziecięcego w południowej Polsce został w 2005 roku uhonorowany prestiżową nagrodą Fundacji Project HOPE w Waszyngtonie. W 2015 roku otrzymał wyróżnienie Menedżer Rynku Zdrowia w kategorii placówek publicznych, a dwa lata później odznakę Honoris Gratia, przyznawaną przez Prezydenta Miasta Krakowa w uznaniu wieloletniego wkładu w rozwój miasta.
W 2017 roku w Librarii Collegium Maius UJ odbyła się uroczystość, podczas której ówczesny rektor UJ prof. Wojciech Nowak tak dziękował ustępującemu dyrektorowi: „Doktor Kowalczyk dyrektorował w trudnym okresie. Jego praca była próbą dostosowania funkcjonowania jednostki do realiów ekonomicznych, a wysiłek skierowany był na przetrwanie zapaści w polskiej służbie zdrowia. Dziękuję za to w imieniu społeczności akademickiej Uniwersytetu Jagiellońskiego, Senatu Uczelni oraz swoim własnym”.
Po zakończeniu pełnienia funkcji dyrektora USD, dr hab. Maciej Kowalczyk nie zaprzestał działań na rzecz szpitala. Przez lata pełnił funkcję Prezesa Zarządu Fundacji „O Zdrowie Dziecka”, angażując się w liczne akcje charytatywne, których celem było pozyskanie funduszy na rzecz zakupu sprzętu medycznego i poprawy warunków leczenia małych pacjentów.
„Dr hab. Maciej Kowalczyk pozostanie w naszej pamięci jako człowiek wielkiego serca i niezłomnej determinacji, dla którego dobro dzieci i rozwój Szpitala były życiową misją. Jego słowa – „trzeba było się poświęcić” – najlepiej oddają skalę zaangażowania, jakie włożył w budowanie pozycji Uniwersyteckiego Szpitala Dziecięcego w Krakowie jako jednego z wiodących ośrodków pediatrycznych w Polsce” – czytamy na stronie Uniwersyteckiego Szpitala Dziecięcego.
Pogrzeb dr. hab. Macieja Kowalczyka odbędzie się 1 września (wtorek), o godz. 10:30 w kościele św. Mikołaja przy ul. Kopernika 9, po czym o godz. 13 nastąpi odprowadzenie zmarłego spod bramy wejścia głównego Cmentarza Rakowickiego na miejsce wiecznego spoczynku.
Zamiast kwiatów Rodzina prosi o datki do puszek Fundacji o Zdrowie Dziecka USDK.